用語集

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生命科学の基礎細胞、生命科学、基本分子など、最初に押さえる用語。分子生物学遺伝情報の流れ、遺伝子発現、DNA・RNA・タンパク質に関わる用語。細胞生物学細胞内構造、膜、シグナル伝達など、細胞の働きを読むための用語。ゲノミクスゲノム、染色体、変異、配列の違いを読むための用語。実験手法・解析PCR、シーケンシング、RNA-seq、バイオインフォマティクス解析の用語。統計・研究デザインp値、効果量、n数、対照群、相関と因果、バイアス、交絡、再現性など、Figureと論文の主張の強さを読むための用語。論文読解Title、Abstract、Methods、Results、Discussion、Referencesなど、論文の構造と読み方に関わる用語。

統計・研究デザインの用語を使う場面

Figureや論文読解で迷いやすい用語は、目的別に戻ると整理しやすくなります。

• Figureの軸やばらつきを読む: 変数、分布、平均と中央値、n数
• 統計表示の意味を確認する: 標準偏差、標準誤差、p値、信頼区間、効果量、多重検定補正
• 実験設計を確認する: 対照群、反復、ランダム化、盲検化
• Discussionの言いすぎを避ける: 相関と因果、統計的有意性と生物学的重要性、バイアス、交絡、再現性

ゲノミクスの用語を使う場面

配列の違いを読むときは、似た用語を分けて戻ると整理しやすくなります。

• 全体像を確認する: ゲノム、染色体、遺伝子
• 配列の違いを確認する: 遺伝的変異、変異、SNP
• データとして読む: シーケンシング、NGS、シーケンスデータ

論文読解の用語を使う場面

論文のどの部位で止まったかが分かっている場合は、構造ごとに戻ると読み直しやすくなります。

• 論文全体を把握する: Title、Abstract、研究の問い
• 本文の構造を確認する: Introduction、Methods、Results、Discussion
• Figureと主張を読む: Figure、Figure legend、主張、証拠、限界
• 論文を探す・たどる: References、PubMed、PMC、DOI、PMID

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Introduction	Introductionの読み方
Methods	Methodsの読み方、Methods確認チェックリスト
Results / Figure	Resultsの読み方、Figureから論文を読む方法
Discussion / 主張 / 限界	Discussionの読み方、批判的に読む
References / 先行研究	Referencesの読み方

用語集は、言葉の意味や読み方の観点を短く確認する入口です。実際に論文の流れで読む練習をしたい場合は、論文読解演習 へ進みます。

論文探索・論文タイプ・識別子で迷ったら

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引用から次の論文へ進みたい	References、先行研究	Referencesの読み方
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論文探索では、識別子やデータベース名を結論の根拠と混同しないことが大切です。PubMed、PMC、DOI、PMIDは論文を探す・指定するための入口であり、研究内容の妥当性はMethods、Results、Figure、Discussionを読んで確認します。

用語一覧

生命科学の基礎

細胞、生命科学、基本分子など、最初に押さえる用語。

日本語	英語	略語	説明
生命科学	life science	-	生命現象を分子、細胞、個体、集団などの階層で理解する分野。
分子生物学	molecular biology	-	DNA、RNA、タンパク質などの分子から生命現象を説明する分野。
細胞生物学	cell biology	-	細胞の構造、働き、ふるまいを調べる分野。
ゲノミクス	genomics	-	ゲノム全体を対象に、遺伝情報の構造や違いを調べる分野。
細胞	cell	-	生物の構造と働きの基本単位。
分子	molecule	-	原子が結びついてできた物質のまとまり。
原子	atom	-	分子を構成する基本的な粒子。
代謝物	metabolite	-	細胞内の化学反応で作られたり使われたりする小さな分子。
個体	organism	-	1つの生物としてのまとまり。
器官	organ	-	複数の組織が組み合わさって特定の働きをするまとまり。
組織	tissue	-	似た働きや構造を持つ細胞が集まったまとまり。
タンパク質	protein	-	細胞内外で構造、反応、輸送、情報伝達などを担う分子。
表現型	phenotype	-	生物、細胞、組織などで観察または測定できる性質や状態。
遺伝型	genotype	-	個体や細胞が持つ遺伝情報の型。
形質	trait	-	生物や細胞の性質として観察される特徴。
モデル生物	model organism	-	生命現象を調べるために研究でよく使われる生物。
生物種	species	-	生物を分類するときの基本的な単位。
疾患モデル	disease model	-	疾患や状態の一部を再現して調べるための実験系。
野生型	wild type	WT	実験で比較の基準として扱われる標準的な型。
生命科学の問い	biological question	-	生命現象について何を明らかにしたいのかを具体化した問い。

分子生物学

遺伝情報の流れ、遺伝子発現、DNA・RNA・タンパク質に関わる用語。

日本語	英語	略語	説明
DNA	deoxyribonucleic acid	DNA	遺伝情報を長期的に保存する分子。
RNA	ribonucleic acid	RNA	遺伝情報の読み出しや調節に関わる分子。
mRNA	messenger RNA	mRNA	タンパク質を作る情報をリボソームへ伝えるRNA。
rRNA	ribosomal RNA	rRNA	リボソームを構成し、翻訳の場を支えるRNA。
tRNA	transfer RNA	tRNA	コドンに対応するアミノ酸をリボソームへ運ぶRNA。
核酸	nucleic acid	-	DNAやRNAのように、ヌクレオチドが連なってできた情報分子。
ヌクレオチド	nucleotide	-	塩基、糖、リン酸からなる、DNAやRNAなど核酸の構成単位。
CpG	CpG	-	同じDNA鎖上でシトシンの次にグアニンが並ぶ配列文脈。
CpGアイランド	CpG island	-	CpGが比較的多く集まるゲノム領域。
塩基対	base pair	bp	相補的に対応する2つの塩基の組。DNAの長さの単位としても使われる。
アミノ酸	amino acid	-	タンパク質を構成する基本単位。
タンパク質構造	protein structure	-	アミノ酸の鎖が折りたたまれてできる、タンパク質の三次元的な形。
ドメイン	protein domain	-	タンパク質内でまとまった構造や機能を持つ領域。
酵素	enzyme	-	化学反応を進みやすくする触媒として働く分子。
基質	substrate	-	酵素が働きかける相手となる分子。
生成物	product	-	酵素反応などの結果としてできる分子。
活性部位	active site	-	酵素で基質が結合し、反応が進む領域。
遺伝子	gene	-	機能を持つRNAやタンパク質の産生に関わるDNA領域。
セントラルドグマ	central dogma	-	DNA、RNA、タンパク質の間で情報が使われる基本的な流れ。
DNA複製	DNA replication	-	DNAを鋳型として新しいDNAを作る過程。
DNA損傷	DNA damage	-	DNA分子に生じる傷、切断、化学的な変化。
DNA修復	DNA repair	-	DNA損傷やミスマッチを検出して修正する細胞の仕組み。
組換え	recombination	-	DNA配列の一部が別のDNA分子や領域と交換または再配置される現象。
転写	transcription	-	DNAの情報をもとにRNAを合成する過程。
RNAポリメラーゼ	RNA polymerase	-	DNAを鋳型としてRNAを合成する酵素。
RNAプロセシング	RNA processing	-	転写されたRNAが成熟した形になるために受ける加工。
スプライシング	splicing	-	pre-mRNAからイントロンを取り除き、エクソンをつなげる過程。
エクソン	exon	-	多くの場合、成熟RNAに残る遺伝子内の領域。
イントロン	intron	-	多くの場合、スプライシングで成熟RNAから取り除かれる領域。
アイソフォーム	isoform	-	同じ遺伝子などから作られる、少し異なるRNAやタンパク質の形。
翻訳	translation	-	mRNAの情報をもとにアミノ酸をつなぎ、タンパク質を作る過程。
リボソーム	ribosome	-	mRNAを読み取り、アミノ酸をつなげてタンパク質を作る分子装置。
コドン	codon	-	mRNA上の3塩基の組で、アミノ酸などを指定する単位。
タンパク質フォールディング	protein folding	-	アミノ酸の鎖が折りたたまれて立体構造になる過程。
シャペロン	chaperone	-	タンパク質が適切に折りたたまれるのを助ける分子。
変性	denaturation	-	タンパク質や核酸の立体構造が崩れること。
遺伝子発現	gene expression	-	遺伝子の情報がRNAやタンパク質として使われること。
遺伝子発現制御	gene expression regulation	-	遺伝子がいつ、どこで、どれくらい使われるかを調節する仕組み。
プロモーター	promoter	-	転写開始に関わるDNA上の調節領域。
エンハンサー	enhancer	-	遺伝子の転写を高めることがあるDNA上の調節領域。
転写因子	transcription factor	TF	DNAに結合して遺伝子の転写を調節するタンパク質。
非コードRNA	non-coding RNA	ncRNA	タンパク質をコードすることを主な役割としないRNAの総称。
miRNA	microRNA	miRNA	標的mRNAに結合して翻訳や安定性を調節する短い非コードRNA。
転写後制御	post-transcriptional regulation	-	RNAが作られた後に起こる遺伝子発現の調節。
クロマチン	chromatin	-	DNAとヒストンなどのタンパク質が組み合わさった核内構造。
ヒストン	histone	-	DNAが巻きつく主要なタンパク質。
ヌクレオソーム	nucleosome	-	DNAがヒストンタンパク質に巻きついたクロマチンの基本単位。
エピジェネティクス	epigenetics	-	DNA配列を変えずに遺伝子の使われ方やクロマチン状態に関わる仕組みを扱う考え方。
DNAメチル化	DNA methylation	-	DNAの塩基にメチル基が付く化学修飾。
ヒストン修飾	histone modification	-	DNAが巻きつくヒストンタンパク質に付く化学修飾。
クロマチンアクセシビリティ	chromatin accessibility	-	クロマチン中のDNAが転写因子や酵素からどれくらいアクセスしやすいかを表す考え方。

細胞生物学

細胞内構造、膜、シグナル伝達など、細胞の働きを読むための用語。

日本語	英語	略語	説明
細胞膜	cell membrane	-	細胞内外を区切り、物質輸送や情報伝達に関わる膜。
原核細胞	prokaryotic cell	-	核を持たず、DNAが細胞内に直接存在する細胞。
真核細胞	eukaryotic cell	-	核や細胞小器官を持つ細胞。
細胞小器官	organelle	-	真核細胞の内部で特定の機能を担う構造。
核	nucleus	-	真核細胞で多くのDNAを収め、転写や遺伝情報の管理に関わる区画。
ミトコンドリア	mitochondria	-	細胞のエネルギー代謝に深く関わる細胞小器官。
ATP	adenosine triphosphate	ATP	細胞内でエネルギーの受け渡しに使われる分子。
小胞体	endoplasmic reticulum	ER	タンパク質や脂質の合成、加工、輸送に関わる膜構造。
ゴルジ体	Golgi apparatus	-	タンパク質や脂質を加工し、行き先に応じて仕分ける細胞小器官。
リソソーム	lysosome	-	細胞内の不要な分子や取り込まれた物質の分解に関わる細胞小器官。
細胞骨格	cytoskeleton	-	細胞の形、動き、分裂、細胞内輸送を支えるタンパク質ネットワーク。
アクチンフィラメント	actin filament	-	細胞の形の変化、移動、収縮などに関わる細胞骨格の一種。
微小管	microtubule	-	細胞内輸送や細胞分裂に関わる管状の細胞骨格。
中間径フィラメント	intermediate filament	-	細胞や組織の力学的な安定性を支える細胞骨格の一種。
細胞シグナル伝達	cell signaling	-	細胞が外からの情報を受け取り、内部の反応へ変える仕組み。
膜輸送	membrane transport	-	細胞膜や細胞内膜を越えて物質が移動する過程の総称。
チャネル	channel	-	膜に通り道を作り、イオンなどを通すタンパク質。
輸送体	transporter	-	分子やイオンを結合し、膜を越えて運ぶタンパク質。
ポンプ	pump	-	エネルギーを使って、濃度差に逆らって物質を運ぶ輸送タンパク質。
小胞輸送	vesicle trafficking	-	膜で包まれた小胞を使って物質や膜成分を運ぶ仕組み。
エンドサイトーシス	endocytosis	-	細胞膜が内側へ小胞を作り、細胞外の物質や膜成分を取り込む過程。
エンドソーム	endosome	-	エンドサイトーシスで取り込まれた物質を仕分ける膜で囲まれた区画。
内在化	internalization	-	細胞表面の分子や外部の物質が細胞内へ取り込まれること。
ファゴサイトーシス	phagocytosis	-	細胞が大きな粒子や細胞片などを取り込むエンドサイトーシスの一種。
エキソサイトーシス	exocytosis	-	小胞が細胞膜と融合し、中身や膜成分を外側へ出す過程。
オートファジー	autophagy	-	細胞内成分をリソソーム系で分解し、材料として再利用する仕組み。
オートファゴソーム	autophagosome	-	細胞内成分を包み、リソソームとの融合へ向かう膜で囲まれた構造。
オートファジーフラックス	autophagic flux	-	オートファゴソーム形成からリソソームでの分解までの流れ全体。
LC3	microtubule-associated protein 1 light chain 3	LC3	オートファゴソーム膜の目印としてよく使われるタンパク質。
p62	sequestosome 1	p62/SQSTM1	オートファジーで分解されることがあり、フラックス評価で使われるタンパク質。
マイトファジー	mitophagy	-	ミトコンドリアを選択的に分解するオートファジーの一種。
タンパク質局在	protein localization	-	タンパク質が細胞内外のどこに存在し、働く可能性があるかを示す考え方。
細胞分画	cell fractionation	-	細胞を壊して、核や細胞質、膜などの画分に分ける実験操作。
共局在	colocalization	-	2つ以上のシグナルが同じ場所に重なって見えること。
受容体	receptor	-	シグナル分子を認識し、細胞内の反応へつなげる分子。
リガンド	ligand	-	受容体に結合してシグナルのきっかけになる分子。
リン酸化	phosphorylation	-	タンパク質などの分子にリン酸基が付く化学修飾。
キナーゼ	kinase	-	基質にリン酸基を付ける酵素。
ホスファターゼ	phosphatase	-	基質からリン酸基を外す酵素。
シグナル伝達経路	signaling pathway	-	複数の分子が連なって細胞内で情報を伝える反応の流れ。
MAPK経路	MAPK pathway	MAPK	MAPKファミリーのキナーゼを介して細胞内へ情報を伝える経路。
Ras	Ras	-	受容体からのシグナルをRafなどへ伝える小型GTPase。
Raf	Raf	-	Rasの下流で働き、MEKを活性化するキナーゼ。
MEK	mitogen-activated protein kinase kinase	MEK	MAPK経路でERKをリン酸化して活性化するキナーゼ。
ERK	extracellular signal-regulated kinase	ERK	MAPKファミリーの代表的なキナーゼで、ERK経路の下流で働く。
PI3K-AKT経路	PI3K-AKT pathway	PI3K-AKT	PI3KとAKTを中心に、受容体シグナルを代謝や成長の応答へつなげる経路。
PI3K	phosphoinositide 3-kinase	PI3K	膜脂質をリン酸化し、PIP3を作る酵素。
PIP3	phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate	PIP3	PI3Kによって作られ、AKTなどを膜近くへ集める膜脂質。
AKT	AKT / protein kinase B	AKT	PI3K-AKT経路の下流で働くキナーゼ。
mTOR	mechanistic target of rapamycin	mTOR	栄養状態や成長シグナルに応じて代謝やタンパク質合成を調節するキナーゼ。
細胞周期	cell cycle	-	細胞が成長し、DNAを複製し、分裂へ進む一連の過程。
G0期	G0 phase	-	細胞周期から離れて分裂を一時的または長期的に止めた状態。
静止状態	quiescence	-	細胞が分裂を休止しているが、条件によって再び増殖できることがある状態。
チェックポイント	checkpoint	-	細胞周期や細胞応答の途中で、次の段階へ進む条件を確認する調節点。
紡錘体チェックポイント	spindle checkpoint	-	染色体が分配される準備を確認し、M期の進行を調節する仕組み。
アポトーシス	apoptosis	-	細胞が調節された手順で死へ向かうプログラムされた細胞死。
カスパーゼ	caspase	-	アポトーシスで重要な役割を持つことがあるタンパク質分解酵素群。
細胞老化	cellular senescence	-	細胞が分裂を長期的に停止し、特徴的な細胞状態を示す現象。
分泌因子	secreted factor	-	細胞から外へ放出され、周囲の細胞や環境に影響する分子。

ゲノミクス

ゲノム、染色体、変異、配列の違いを読むための用語。

日本語	英語	略語	説明
ゲノム	genome	-	ある生物が持つ遺伝情報の全体。
染色体	chromosome	-	DNAとタンパク質からなる、遺伝情報の収納と受け渡しに関わる構造。
変異	mutation	-	DNA配列に生じた変化。文脈によって遺伝的変異と区別して使われる。
SNP	single nucleotide polymorphism	SNP	集団の中で見られる1塩基の配列多型。
SNV	single nucleotide variant	SNV	参照配列と比べて1塩基が異なるバリアント。
バリアント	variant	-	参照配列や集団内の基準と比べて見つかる配列上の違い。
indel	insertion-deletion	indel	短い挿入や欠失として見つかる配列上の違い。
コピー数変異	copy number variation	CNV	ゲノム領域のコピー数が増えたり減ったりする変異。
構造多型	structural variant	SV	比較的大きなゲノム領域の欠失、重複、逆位、転座などの違い。
体細胞変異	somatic variant	-	受精後に一部の細胞系列で生じ、通常は次世代へ伝わらない配列上の違い。
生殖細胞系列変異	germline variant	-	生殖細胞系列に由来し、個体の多くの細胞に共有される配列上の違い。
バリアントアノテーション	variant annotation	-	検出されたバリアントに位置、遺伝子、予測影響などの情報を付ける解析。
GWAS	genome-wide association study	GWAS	ゲノム全体の多型と形質の統計的な関連を調べる研究。
ポリジェニックリスクスコア	polygenic risk score	PRS	多数のバリアントの効果推定を足し合わせた統計的なスコア。
希少疾患ゲノミクス	rare disease genomics	-	希少疾患研究でゲノム情報を用いて原因候補や機構を調べる分野。
がんゲノミクス	cancer genomics	-	がん研究でゲノム変化やそのパターンを調べる分野。
Tumor-normal比較	tumor-normal comparison	-	腫瘍由来サンプルと対照サンプルを比べて体細胞変異候補を調べる解析。
エピゲノム	epigenome	-	ゲノム全体にわたるDNAメチル化、ヒストン修飾、クロマチン状態などの情報のまとまり。
メチローム	methylome	-	ゲノム全体にわたるDNAメチル化パターンのまとまり。
3Dゲノム	three-dimensional genome	-	ゲノム配列が核内でどのように折りたたまれ、近接して配置されるかを見る考え方。
トランスクリプトミクス	transcriptomics	-	細胞や組織でどのRNAがどれくらい存在するかを網羅的に調べる分野。
プロテオミクス	proteomics	-	細胞や組織に含まれるタンパク質の種類、量、修飾などを網羅的に調べる分野。
メタボロミクス	metabolomics	-	細胞や組織に含まれる代謝物の種類や量を網羅的に調べる分野。
マルチオミクス	multiomics	-	複数のオミクス層を組み合わせ、同じ現象を多面的に調べる考え方。
遺伝的変異	genetic variant	variant	ゲノム配列に見られる違い。
反復配列	repetitive sequence	-	同じまたはよく似た塩基配列がゲノム内で繰り返し現れる領域。
リファレンスゲノム	reference genome	-	配列解析やゲノム表示で基準として使う代表的なゲノム配列。
ゲノムアノテーション	genome annotation	-	ゲノム上の遺伝子や調節領域などに意味づけを加えた情報。
ゲノム座標	genomic coordinate	-	染色体名と位置でゲノム上の場所を表す表記。
ゲノムブラウザ	genome browser	-	ゲノム上の座標に沿って、遺伝子、変異、リード、注釈情報などを重ねて表示する画面。

実験手法・解析

PCR、シーケンシング、RNA-seq、バイオインフォマティクス解析の用語。

日本語	英語	略語	説明
機能実験	functional assay	-	分子や遺伝子の働きが表現型に関わるかを調べる実験。
ChIP-seq	chromatin immunoprecipitation sequencing	ChIP-seq	特定のタンパク質やヒストン修飾が多く検出されるゲノム領域を調べる手法。
ATAC-seq	assay for transposase-accessible chromatin with sequencing	ATAC-seq	開いたクロマチン領域をゲノム全体で調べるシーケンシング手法。
Hi-C	Hi-C	Hi-C	ゲノム領域どうしの核内での近さを、接触頻度としてゲノム全体で測る手法。
サンプル	sample	-	実験で処理、測定、解析される材料や単位。
PCR	polymerase chain reaction	PCR	特定のDNA領域を試験管内で増幅する実験法。
DNAポリメラーゼ	DNA polymerase	-	既存のDNA鎖を手がかりにして新しいDNA鎖を伸ばす酵素。
アニーリング	annealing	-	PCRでプライマーが標的DNA配列に結合する段階。
シーケンシング	sequencing	-	DNAやRNA由来の塩基配列を読み取る技術の総称。
NGS	next-generation sequencing	NGS	多数の配列断片を並列に読み取る高スループットなシーケンシング技術。
RNA-seq	RNA sequencing	RNA-seq	RNAを配列決定し、遺伝子発現などを調べる手法。
single-cell RNA-seq	single-cell RNA sequencing	scRNA-seq	1細胞ごとのRNA量を測り、細胞集団の違いを調べる手法。
カウント行列	count matrix	-	遺伝子とサンプルまたは細胞ごとのリード数を並べた表。
single-cell QC	single-cell quality control	QC	single-cell解析で低品質細胞や技術的な外れ値を確認する工程。
次元削減	dimensionality reduction	-	多数の特徴を少数の軸にまとめ、全体像を見やすくする解析。
クラスタリング	clustering	-	似た特徴を持つデータ点を探索的にまとめる解析。
クラスター	cluster	-	クラスタリングによって得られた、似た特徴を持つデータ点のまとまり。
マーカー遺伝子	marker gene	-	細胞型や状態を見分ける手がかりとして使われる遺伝子。
細胞タイプ注釈	cell type annotation	-	single-cell解析でクラスタや細胞に、根拠にもとづいて細胞型名を付ける工程。
UMAP	Uniform Manifold Approximation and Projection	UMAP	高次元データを2次元などに配置して構造を見る可視化手法。
t-SNE	t-distributed stochastic neighbor embedding	t-SNE	高次元データを2次元などに配置して近い点のまとまりを見る可視化手法。
バッチ効果	batch effect	-	実験日、試薬、機器などの技術的な違いによって生じるデータの差。
シーケンスデータ	sequence data	-	DNAやRNAの塩基配列を読み取って得られるデータ。
メタデータ	metadata	-	測定値やファイルの背景を説明するサンプル条件、実験条件、解析条件などの情報。
FASTQ	FASTQ format	FASTQ	リード配列と塩基ごとの品質スコアを保存するシーケンスデータの形式。
品質スコア	quality score	Q score	塩基の読み取りがどれくらい信頼できるかを表す指標。
アラインメント	alignment	-	配列同士の対応する位置をそろえて並べる処理。
SAM/BAM	Sequence Alignment/Map and Binary Alignment/Map	SAM/BAM	マッピング後のリード配置と関連情報を保存するファイル形式。
VCF	Variant Call Format	VCF	バリアント候補の位置、配列差、品質、サンプル情報などを記録する形式。
差次的発現解析	differential expression analysis	DEA	条件間で遺伝子発現に差があるかを調べる解析。
バイオインフォマティクス	bioinformatics	-	生命科学のデータを情報科学の方法で整理、解析、解釈する分野。
Western blot	Western blot	WB	特定のタンパク質を抗体で検出し、量やサイズの違いを見る実験手法。
qPCR	quantitative PCR	qPCR	PCRの増幅をリアルタイムに測り、特定配列の量を比較する手法。
RT-qPCR	reverse transcription qPCR	RT-qPCR	RNAをcDNAに変換してからqPCRで測る実験手法。
RNA抽出	RNA extraction	-	サンプルからRNAを取り出し、後続の測定に使える状態にする前処理。
Ct値	cycle threshold	Ct	qPCRで蛍光シグナルがしきい値を超えるサイクル数。
cDNA	complementary DNA	cDNA	RNAを鋳型に逆転写で作られるDNA。
逆転写	reverse transcription	-	RNAを鋳型としてcDNAを作る反応。
プライマー	primer	-	PCRなどで増幅したい配列の端を指定する短い核酸。
参照遺伝子	reference gene	-	qPCRなどで正規化の基準として使う遺伝子。
ハウスキーピング遺伝子	housekeeping gene	-	多くの細胞で基本機能を支えるため、安定発現が期待される遺伝子。
免疫染色	immunostaining	-	抗体を使って細胞や組織内のタンパク質などを可視化する方法。
免疫蛍光染色	immunofluorescence	IF	蛍光標識を使って抗体シグナルを観察する免疫染色。
抗体	antibody	-	特定の分子を認識して結合するタンパク質。
抗体検証	antibody validation	-	抗体が目的分子を適切に検出しているかを確認する考え方。
ELISA	enzyme-linked immunosorbent assay	ELISA	抗体を使ってサンプル中の特定分子を検出・定量する実験手法。
標準曲線	standard curve	-	既知濃度の標準試料から、未知サンプルの量を推定するための曲線。
蛍光	fluorescence	-	光を受けた物質が別の光を出す性質や、その信号。
蛍光顕微鏡	fluorescence microscopy	-	蛍光シグナルを使って細胞や組織内の構造や分子を観察する方法。
顕微鏡画像	microscopy image	-	顕微鏡で細胞や組織などを観察して得られる画像。
フローサイトメトリー	flow cytometry	-	流れる細胞を1細胞ずつ測定し、細胞集団の特徴を調べる方法。
陽性率	positive rate	-	特定のマーカーや条件に陽性と判定された細胞やサンプルの割合。
FACS	fluorescence-activated cell sorting	FACS	蛍光シグナルをもとに細胞を測定し、条件に合う細胞を分取する技術。
CRISPR	clustered regularly interspaced short palindromic repeats	CRISPR	ガイドRNAなどで特定のDNA領域を狙う実験技術群。
ガイドRNA	guide RNA	gRNA	Casタンパク質を標的DNA配列へ導くRNA。
Cas9	CRISPR-associated protein 9	Cas9	ガイドRNAに導かれてDNAを切断するCasタンパク質の一つ。
遺伝子編集	gene editing	-	DNA配列を狙って変化させる実験操作。
ノックアウト	knockout	KO	特定の遺伝子の機能を失わせる実験操作。
ノックダウン	knockdown	KD	特定の遺伝子の発現量を下げる実験操作。
過剰発現	overexpression	OE	特定の遺伝子やタンパク質を通常より多く作らせる実験操作。
トランスフェクション	transfection	-	DNAやRNAなどの核酸を細胞へ導入する実験操作。
プラスミド	plasmid	-	遺伝子導入やクローニングで使われる環状DNA分子。
レスキュー実験	rescue experiment	-	失わせた遺伝子機能を戻し、表現型が回復するかを確認する実験。
siRNA	small interfering RNA	siRNA	標的mRNAを減らすために使われる短いRNA。
shRNA	short hairpin RNA	shRNA	細胞内でsiRNA様の作用につながる短いヘアピンRNA。
Annexin V	Annexin V	-	アポトーシス早期の膜変化を検出する染色でよく使われるタンパク質。
TUNEL staining	TUNEL staining	-	DNA断片化を検出し、細胞死の指標として使われる染色法。
BrdU/EdU標識	BrdU/EdU labeling	-	DNA合成中の細胞を標識し、S期の細胞を調べる方法。
SA-beta-gal	senescence-associated beta-galactosidase	SA-beta-gal	細胞老化の指標としてよく使われるリソソーム関連酵素活性。
ゲーティング	gating	-	フローサイトメトリーで解析する細胞集団を条件で選ぶ操作。
ローディングコントロール	loading control	-	Western blotなどでサンプル投入量や検出条件の違いを確認する基準。
目的タンパク質	target protein	-	実験で量、修飾、局在などを調べたい対象のタンパク質。
総タンパク質染色	total protein staining	-	レーン全体のタンパク質量を確認するために総タンパク質を染める方法。
バンド	band	-	Western blotやゲルで分離された分子が帯状に見える信号。
ゲル	gel	-	DNAやタンパク質を大きさなどで分けるために使う網目状の材料。
分子量	molecular weight	-	分子の大きさを表す指標。タンパク質ではkDaで表されることが多い。
露光	exposure	-	画像や検出で信号をどれくらい取り込むかに関わる条件。
リード	read	-	シーケンシングで得られる短い配列断片。
マッピング	mapping	-	リードなどの配列を参照配列上の位置へ対応づける解析。
ライブラリ	library	-	シーケンシングで読める形に準備されたDNAやcDNA断片の集まり。
ライブラリ調製	library preparation	-	DNAやcDNAをシーケンサーで読める形に整える工程。
アダプター	sequencing adapter	-	シーケンサーで読み取るために核酸断片の端に付ける配列。
インデックス	index / sample barcode	-	NGSでサンプルを識別するためにライブラリへ付ける短い配列。
断片化	fragmentation	-	核酸などの長い分子を解析しやすい長さに分ける工程。
正規化	normalization	-	サンプル間や条件間で比較しやすいように測定値の尺度を整える処理。
品質管理	quality control	QC	データやサンプルが解析に使える状態かを確認する工程。
フィルタリング	filtering	-	条件に合わないデータや候補を解析から除く処理。
カバレッジ	coverage	-	シーケンシングで、ある領域がどれくらい読まれているかを表す指標。
バリアントコール	variant calling	-	シーケンスデータから変異や遺伝的変異の候補を検出する解析。
全ゲノムシーケンシング	whole-genome sequencing	WGS	ゲノム全体を対象に配列を読むシーケンシング。
エクソーム解析	exome sequencing	-	主にタンパク質をコードするエクソン領域に絞って配列を読む解析。
アリル頻度	allele frequency	-	あるアリルや変異がデータや集団の中でどれくらい見られるかを表す割合。
しきい値	threshold	-	分類や判定の境界として使う値。
スケールバー	scale bar	-	顕微鏡画像などで実際の長さを示す線や目盛り。
代表画像	representative image	-	複数の観察結果の例として論文に示される画像。
画像処理	image processing	-	画像の明るさ、背景、切り出し、定量などを扱う処理。
レポーターアッセイ	reporter assay	-	遺伝子発現やシグナル活性を、測りやすい報告分子の信号として調べる実験。
レポーター遺伝子	reporter gene	-	発光や蛍光など測りやすい信号を出すように使われる遺伝子。
阻害剤	inhibitor	-	特定の酵素や経路の働きを弱めるために使う分子。
アッセイ	assay	-	特定の性質や反応を測定する実験や試験。
PCA	principal component analysis	PCA	多数の特徴を少数の主成分にまとめ、データ全体の違いを見る解析。
GSEA	gene set enrichment analysis	GSEA	遺伝子セットが条件間の変化に偏って現れるかを調べる解析。
Pathway enrichment	pathway enrichment	-	遺伝子リストやランキングに、特定の経路に属する遺伝子が偏って含まれるかを見る解析。
エンリッチメント	enrichment	-	ある特徴や遺伝子セットが期待より多く含まれるかを見る考え方。
遺伝子セット	gene set	-	共通の機能、経路、条件などでまとめられた遺伝子の集合。
解析ワークフロー	analysis workflow	-	生データから図表や結果に至るまでの一連の解析手順。
解析ノートブック	analysis notebook	-	コード、説明文、表、図、実行結果を1つの文書としてまとめた解析記録。
再解析	reanalysis	-	公開データや既存データを使い、解析条件を確認しながら結果を再検討すること。
ピーク	peak	-	シーケンス解析やグラフで信号が周囲より高く集まる領域。
背景信号	background signal	-	目的の反応とは別に測定系や試料から見える信号。
非特異的反応	non-specific reaction	-	目的の対象以外への結合や反応によって生じる信号。

統計・研究デザイン

p値、効果量、n数、対照群、相関と因果、バイアス、交絡、再現性など、Figureと論文の主張の強さを読むための用語。

日本語	英語	略語	説明
棒グラフ	bar plot	-	カテゴリごとの値を棒の高さで示すグラフ。
箱ひげ図	box plot	-	データの中央値、四分位範囲、外れ値などをまとめて示すグラフ。
Violin plot	violin plot	-	分布の形と群間の重なりを左右の幅で示すグラフ。
散布図	scatter plot	-	2つの変数の関係を点で示すグラフ。
相関図	correlation plot	-	2つの変数が一緒に変化する傾向を示す図。
ヒートマップ	heatmap	-	値の大小を色で表し、行と列のパターンを見る図。
Volcano plot	volcano plot	-	差の大きさと統計的な強さを同時に示す散布図。
ROC曲線	receiver operating characteristic curve	ROC curve	しきい値を変えたときの真陽性率と偽陽性率の関係を示す曲線。
Kaplan-Meier曲線	Kaplan-Meier curve	-	時間経過にともなうイベント未発生割合を階段状に示す曲線。
Forest plot	forest plot	-	効果量と信頼区間を複数の研究やサブグループで並べて示す図。
Lollipop plot	lollipop plot	-	遺伝子やタンパク質上の位置に沿って変異やイベントを示す図。
CNV plot	copy number variation plot	CNV plot	ゲノム上の位置に沿ってコピー数の増減を示す図。
oncoplot	oncoplot	-	がんゲノム解析で、サンプルごとの遺伝子変化を一覧する図。
エラーバー	error bar	-	グラフ上でばらつきや不確かさを線で示す表示。
標準偏差	standard deviation	SD	データが平均値の周りにどれくらい散らばっているかを表す指標。
標準誤差	standard error of the mean	SEM	サンプルから推定した平均値の不確かさを表す指標。
p値	p-value	-	帰無仮説のもとで、観察された差やそれ以上の差がどのくらい起こり得るかを表す値。
帰無仮説	null hypothesis	-	差や効果がない、など統計的な比較で基準として置く仮説。
信頼区間	confidence interval	CI	推定値の不確かさを範囲として示す統計表示。
推定値	estimate	-	データから母集団の平均、差、効果量などを見積もった値。
効果量	effect size	-	差や関係の大きさを表す指標。
fold change	fold change	-	条件間の量の違いを比として表す値。
バイアス	bias	-	研究の設計、測定、解析、報告によって結果が一方向にずれる可能性。
選択バイアス	selection bias	-	サンプルや対象の選ばれ方によって結果が偏ること。
測定バイアス	measurement bias	-	測定方法、測定順、評価者の判断などによって結果が偏ること。
交絡	confounding	-	調べたい関係が第三の要因によって見かけ上変わって見えること。
共変量	covariate	-	結果との関係を調整したり説明したりするために解析へ入れる変数。
再現性	reproducibility	-	同じ問いに対して、同じような結果が繰り返し得られるかという考え方。
相関と因果	correlation and causation	-	2つの変数が一緒に変化することと、一方がもう一方を引き起こすことの違い。
統計的有意性と生物学的重要性	statistical significance and biological importance	-	偶然だけでは説明しにくいかという統計上の判断と、研究文脈で意味があるかという解釈の違い。
n数	sample size	n	Figureや統計解析で数えられているサンプル、個体、細胞、測定点などの数。
対照群	control group	-	処理群や観察対象を解釈するための比較の基準。
陰性対照	negative control	-	変化が起こらないはずの条件を置き、背景や非特異的な反応を確認する対照。
溶媒対照	vehicle control	-	薬剤を溶かす溶媒だけを加え、溶媒の影響を確認する対照。
陽性対照	positive control	-	変化が起こるはずの条件を置き、測定系が機能していることを確認する対照。
変数	variable	-	研究で観察、測定、比較する値やカテゴリ。
量的変数	quantitative variable	-	発現量、濃度、長さのように数値として扱う変数。
カテゴリ変数	categorical variable	-	条件名、群、細胞型のように種類や分類として扱う変数。
測定値	measurement	-	実験や観察によって得られた具体的な値。
分布	distribution	-	データがどの値の周辺にどれくらい集まっているかを表す見方。
外れ値	outlier	-	他の値から大きく離れ、分布や代表値の解釈に影響することがある値。
ばらつき	variability	-	データが値の周りにどれくらい散らばっているかという性質。
ヒストグラム	histogram	-	値の範囲ごとの個数を棒で示し、分布の形を確認する図。
平均と中央値	mean and median	-	データの中心を表す代表値。平均は外れ値の影響を受けやすく、中央値は受けにくい。
反復	replicate	-	同じ問いを複数のサンプルや測定で繰り返すこと。生物学的反復と技術的反復を区別する。
独立実験	independent experiment	-	別の日、別の調製、別の個体などとして独立に行われた実験。
ランダム化	randomization	-	サンプルや処理順を無作為に割り付け、偏りを減らす研究デザインの考え方。
盲検化	blinding	-	評価者や解析者が条件を知らないようにして、判断に入る偏りを減らす手順。
多重検定補正	multiple testing correction	-	多数の検定を行うと偶然の有意が増える問題を調整する統計的な考え方。
FDR	false discovery rate	FDR	有意と判断した候補の中に偽陽性がどれくらい含まれ得るかを表す考え方。

論文読解

Title、Abstract、Methods、Results、Discussion、Referencesなど、論文の構造と読み方に関わる用語。

日本語	英語	略語	説明
Title	Title	-	論文の題名。研究対象、方法、主な発見の手がかりになる部分。
Abstract	Abstract	-	研究の背景、目的、方法、結果、結論を短くまとめた論文冒頭の要約。
Introduction	Introduction	-	研究背景、先行研究、未解決の問い、研究目的を示す論文の導入部分。
Methods	Methods	-	実験や解析の条件、手順、対象、比較方法を説明する部分。
Results	Results	-	実験や解析から得られた結果を、Figureや表とともに示す部分。
Discussion	Discussion	-	結果の解釈、研究の意味、限界、今後の課題を述べる部分。
References	References	-	本文で引用された先行研究や資料を並べた文献リスト。
Figure	Figure	-	研究結果を図、画像、グラフ、模式図などで示した論文中の要素。
Figure legend	Figure legend	-	Figureの条件、記号、サンプル、統計表示などを説明する図の説明文。
複数パネルFigure	multi-panel Figure	-	複数のパネルを組み合わせて研究結果を示すFigure。
補足Figure	supplementary figure	-	本文Figureを支える追加データ、対照、解析詳細を示すFigure。
Graphical abstract	graphical abstract	-	論文の全体像や主張を視覚的にまとめた要約図。
患者コホート表	patient cohort table	-	研究対象者の人数、群分け、背景因子、追跡期間、欠測などをまとめた表。
研究の問い	research question	-	その研究が何を明らかにしようとしているかを表す問い。
仮説	hypothesis	-	研究の問いに対する暫定的な説明や予想。
研究背景	research background	-	その研究が必要になった文脈や、前提となる知識。
先行研究	prior study	-	現在の研究より前に行われ、背景や比較対象になる研究。
主張	claim	-	論文が結果から言おうとしている解釈や結論。
証拠	evidence	-	論文の主張を支えるデータ、Figure、解析、観察結果。
限界	limitation	-	研究の設計、データ、解析、解釈に残る制約や注意点。
レビュー論文	review article	-	複数の研究を整理し、分野の知見や流れをまとめる論文。
原著論文	primary research article	-	新しい実験、解析、観察に基づく研究結果を報告する論文。
PubMed	PubMed	-	生命科学・医学系文献の書誌情報や要約を検索できるデータベース。
PMC	PubMed Central	PMC	無料で全文を読める生命科学・医学系論文を収録するアーカイブ。
DOI	digital object identifier	DOI	論文やデータなどの学術資料を永続的に識別するための文字列。
PMID	PubMed identifier	PMID	PubMedに登録された文献を識別するための番号。
論文ノート	paper note	-	研究の問い、方法、Figure、主張、限界を自分の言葉で整理する記録。