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Figureを読む

このパスで身につけること

  • 複数パネルや補足Figureから、何を測り、何と比べた図かを確認できる
  • 棒グラフ、箱ひげ図、Violin plot、散布図、相関図で、分布、ばらつき、関係を読める
  • qPCR、Western blot、顕微鏡画像、免疫染色、フローサイトメトリーを、対照や反復と合わせて読める
  • Volcano plot、ヒートマップ、PCA、UMAP、GSEA、ゲノム系Figureを解析条件に戻して読める
  • Results本文の流れを、対応するFigure、Methods、統計表示に戻して確かめられる

このパスでは、「基礎を固める」で確認した Figure legend、軸、単位、論文の構造を前提に、生命科学論文の Figure を読む練習へ進みます。Figureを「きれいな図」として眺めるのではなく、何を測ったか、何と何を比べたか、どこまで言えるかを確認します。

特定のFigure記事だけを探したい場合は 論文Figureの読み方 を使います。このページでは、Figure legend、Methods、統計表示を行き来する読み方を、順番に練習します。

セクション一覧

Section titled “セクション一覧”

各カードから、記事一覧の該当セクションへ移動できます。Figureの種類が分からない場合は構造から読み、図の種類が分かっている場合は該当セクションへ進みます。

構造

Figureの構造を読む

複数パネル、補足Figure、主張との対応、Results本文の流れ、graphical abstractから、図を読む前提を確認します。

定量

定量グラフを読む

棒グラフ、箱ひげ図、Violin plot、散布図、相関図で、分布や関係を読みます。

実験

実験Figureを読む

qPCR、Western blot、顕微鏡、免疫染色、フローサイトメトリーを、対照とセットで確認します。

解析

解析Figureを読む

Volcano plot、ヒートマップ、PCA、UMAP、GSEA、ゲノム系Figureを、解析条件に戻して読みます。

発展

発展的Figureを読む

ROC曲線、Kaplan-Meier曲線、Forest plot、患者コホート表を、対象、条件、結論の範囲に戻して確認します。

記事一覧

Section titled “記事一覧”

Figureの構造を読む

Section titled “Figureの構造を読む”
  1. 複数パネルFigureの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    Figure 1A、1B、1Cのような複数パネルFigureで、全体の流れと各パネルの役割を読む方法を説明します。

  2. 補足Figureの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    補足Figureで追加検証、対照、詳細データを確認する読み方を説明します。

  3. Figureと主張を対応づける 未学習 論文Figureの読み方

    論文の主張が、どのFigure、どのパネル、どのデータに支えられているかを確認する読み方を説明します。

  4. Resultsセクションの流れを読む 未学習 論文Figureの読み方

    ResultsセクションでFigureがどの順番で主張を積み上げているかを読む方法を説明します。

  5. Graphical abstractの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    Graphical abstractで研究の全体像、主張、実験結果との距離を確認する読み方を説明します。

定量グラフを読む

Section titled “定量グラフを読む”
  1. 棒グラフの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    生命科学論文に出てくる棒グラフで、平均、ばらつき、サンプル数、統計表示を読む順番を説明します。

  2. 箱ひげ図の読み方 未学習 論文Figureの読み方

    箱ひげ図で中央値、四分位範囲、ひげ、外れ値を読む基本を説明します。

  3. Violin plotの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    Violin plotで分布の形、中央値、群間の重なりを読む基本を説明します。

  4. 散布図の読み方 未学習 論文Figureの読み方

    散布図で2つの変数の関係、点の分布、外れ値、相関を読む基本を説明します。

  5. 相関図の読み方 未学習 論文Figureの読み方

    相関図で2つの変数の関係、相関係数、外れ値、相関と因果の違いを読む基本を説明します。

実験Figureを読む

Section titled “実験Figureを読む”
  1. qPCR plotの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    qPCRの増幅曲線、Ct値、相対発現量グラフを読むときの基本を説明します。

  2. Western blotの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    Western blotのバンド、分子量マーカー、ローディングコントロール、定量グラフを読む基本を説明します。

  3. 顕微鏡画像の読み方 未学習 論文Figureの読み方

    顕微鏡画像でスケール、倍率、代表性、定量結果を確認する読み方を説明します。

  4. 免疫染色画像の読み方 未学習 論文Figureの読み方

    免疫染色画像でシグナルの局在、強さ、対照、撮影条件を確認する読み方を説明します。

  5. フローサイトメトリーの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    フローサイトメトリーFigureで点の分布、ゲート、陽性率、対照を確認する読み方を説明します。

解析Figureを読む

Section titled “解析Figureを読む”
  1. Volcano plotの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    RNA-seqなどの差次的発現解析で使われるVolcano plotの軸、点、しきい値、解釈の注意点を説明します。

  2. ヒートマップの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    遺伝子発現解析などで使われるヒートマップの色、行、列、クラスタリング、スケールの読み方を説明します。

  3. PCA plotの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    PCA plotでサンプル間の全体的な違い、クラスタ、外れ値を読む基本を説明します。

  4. UMAP / t-SNEの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    UMAPやt-SNEで点、クラスタ、距離、細胞タイプ注釈を読む基本を説明します。

  5. GSEA plotの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    GSEA plotでランキング、エンリッチメントスコア、leading edgeを読む基本を説明します。

  6. Pathway enrichment plotの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    経路や遺伝子セットのenrichment結果を示すFigureで、経路名、スコア、FDR、遺伝子数を読む基本を説明します。

  7. ゲノムブラウザ図の読み方 未学習 論文Figureの読み方

    論文Figureに出てくるゲノムブラウザ図で、座標、トラック、遺伝子モデル、変異、リードの見方を説明します。

  8. Lollipop plotの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    タンパク質やゲノム上の位置に沿って変異を示すLollipop plotで、位置、頻度、ドメイン、解釈の注意点を読む方法を説明します。

  9. CNV plotの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    コピー数変異を示すCNV plotで、ゲノム位置、増幅、欠失、セグメント、サンプル比較を読む方法を説明します。

発展的Figureを読む

Section titled “発展的Figureを読む”
  1. ROC曲線の読み方 未学習 論文Figureの読み方

    分類モデルや判別性能を示すROC曲線で、感度、偽陽性率、AUCを読む基本を説明します。

  2. Kaplan-Meier曲線の読み方 未学習 論文Figureの読み方

    時間経過とイベント発生を示すKaplan-Meier曲線で、曲線、打ち切り、リスク数を読む基本を説明します。

  3. Forest plotの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    Forest plotで効果量、信頼区間、基準線、研究間のばらつきを読む基本を説明します。

  4. 患者コホート表の読み方 未学習 論文Figureの読み方

    患者コホート表で、対象者数、群分け、背景因子、欠測、追跡期間を確認する基本を説明します。

次に進む

Section titled “次に進む”

Figureの基本に慣れたら、次は 論文を読む で、Figure、Methods、Results、Discussionを行き来しながら読む練習へ進みます。Figureの前提で止まった場合は 実験・統計を確認する や オミクス解析を読む に戻ります。