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実験・統計を確認する

このパスで身につけること

  • 対照群、ランダム化、盲検化を、比較の設計として確認できる
  • 標準偏差、標準誤差、信頼区間、効果量、多重検定補正を、p値やエラーバーと分けて読める
  • 交絡、バイアス、再現性、限界を使い、結果の読みすぎを避けられる
  • RT-qPCR、免疫染色、フローサイトメトリー、CRISPR、ライブラリ調製などが何を測る手法か説明できる

このパスでは、「基礎を固める」で確認したサンプル、対照、反復、n数、p値、エラーバー、代表的な手法を前提に、Methods、Figure legend、Results を読む確認点を広げます。手順を細かく暗記するのではなく、何を測り、何と比べ、どのくらい確からしく言えるのかを分けて確認します。

特定の手法や統計語だけを探したい場合は 実験手法 または 統計・研究デザイン を使います。このページでは、Figureや論文本文へ戻るための確認順として読みます。

セクション一覧

Section titled “セクション一覧”

各カードから、記事一覧の該当セクションへ移動できます。Figureや論文を読んでいて止まった場合は、該当する確認点だけに戻ります。

設計

データと比較の設計を確認する

対照群、ランダム化、盲検化を、比較の前提として確認します。

推定

不確かさと差の大きさを確認する

標準偏差、標準誤差、信頼区間、効果量、多重検定補正、重要性を分けて確認します。

限界

主張の限界を確認する

相関と因果、交絡、バイアス、再現性、限界を使い、結果の読みすぎを避けます。

実験

実験Figureの前提を確認する

RT-qPCR、補正遺伝子、loading control、免疫染色、顕微鏡、フローサイトメトリーなどの測定対象を整理します。

Methods

遺伝子機能の実験手法を確認する

CRISPR、ノックアウト、過剰発現、レポーター、RNA抽出、ライブラリ調製をMethods確認の視点で整理します。

記事一覧

Section titled “記事一覧”

データと比較の設計を確認する

Section titled “データと比較の設計を確認する”
  1. 対照群とは何か 未学習 統計・研究デザイン

    研究デザインとしての対照群を、比較の基準、交絡、Figure読解の観点から説明します。

  2. ランダム化とは何か 未学習 統計・研究デザイン

    ランダム化を、サンプルや処理の割り付けに偏りが入りにくくする研究デザインの考え方として説明します。

  3. 盲検化とは何か 未学習 統計・研究デザイン

    盲検化を、測定者・評価者・解析者が条件を知らないようにしてバイアスを減らす研究デザインとして説明します。

不確かさと差の大きさを確認する

Section titled “不確かさと差の大きさを確認する”
  1. 標準偏差と標準誤差とは何か 未学習 統計・研究デザイン

    標準偏差（SD）と標準誤差（SEM）を、データのばらつきと平均推定の不確かさとして区別します。

  2. 信頼区間とは何か 未学習 統計・研究デザイン

    信頼区間を、推定値の不確かさを範囲として示す考え方として説明します。

  3. 効果量とは何か 未学習 統計・研究デザイン

    効果量を、差や関係の大きさを表す指標として説明し、p値との違いを整理します。

  4. 多重検定補正とは何か 未学習 統計・研究デザイン

    多数の検定を行うと偶然の有意が増えやすくなるため、補正が必要になることを説明します。

  5. 統計的有意性と生物学的重要性 未学習 統計・研究デザイン

    統計的有意性と生物学的重要性を、p値で示される差の珍しさと、生物学的に意味のある大きさや文脈の違いとして説明します。

主張の限界を確認する

Section titled “主張の限界を確認する”
  1. 相関と因果の違い 未学習 統計・研究デザイン

    相関と因果の違いを、2つの変数が一緒に変化することと、一方がもう一方を引き起こすことの違いとして説明します。

  2. 交絡とは何か 未学習 統計・研究デザイン

    交絡を、調べたい関係が第三の要因によって見かけ上変わって見えることとして説明します。

  3. バイアスとは何か 未学習 統計・研究デザイン

    バイアスを、研究デザイン、サンプル選択、測定、解析、報告の過程で結果が一方向にずれる可能性として説明します。

  4. 再現性とは何か 未学習 統計・研究デザイン

    再現性を、同じ問いに対して同じような結果が得られるかを確認する考え方として説明します。

  5. 研究の限界の読み方 未学習 統計・研究デザイン

    研究の限界を、結論をどこまで一般化できるかを判断するための情報として説明します。

実験Figureの前提を確認する

Section titled “実験Figureの前提を確認する”
  1. 陽性対照と陰性対照 未学習 実験手法

    陽性対照と陰性対照を、実験系が期待どおり反応するか、不要な反応が出ていないかを確認する基準として説明します。

  2. RT-qPCRとは何か 未学習 実験手法

    RT-qPCRがRNAをcDNAに変換してからqPCRで測る手法であることを説明します。

  3. ハウスキーピング遺伝子とは何か 未学習 実験手法

    ハウスキーピング遺伝子を、qPCRやWestern blotなどで正規化の基準候補として使われる遺伝子として説明します。

  4. ローディングコントロールとは何か 未学習 実験手法

    ローディングコントロールを、Western blotなどでサンプル量や検出条件の違いを補正する基準として説明します。

  5. 蛍光顕微鏡とは何か 未学習 実験手法

    蛍光顕微鏡を、蛍光シグナルを使って細胞や組織内の分子や構造を観察する方法として説明します。

  6. 免疫染色とは何か 未学習 実験手法

    免疫染色が抗体を使って細胞や組織内のタンパク質の位置を見る手法であることを説明します。

  7. フローサイトメトリーとは何か 未学習 実験手法

    フローサイトメトリーが多数の細胞を1つずつ測定し、細胞集団を解析する手法であることを説明します。

  8. FACSとは何か 未学習 実験手法

    FACSを、蛍光シグナルをもとに細胞を1つずつ測定し、必要に応じて分取する技術として説明します。

  9. 抗体検証とは何か 未学習 実験手法

    抗体検証を、抗体が目的分子を適切に検出しているかを確認する考え方として説明します。

  10. ELISAとは何か 未学習 実験手法

    ELISAを、抗体を使ってサンプル中の特定タンパク質などを定量する実験手法として説明します。

遺伝子機能の実験手法を確認する

Section titled “遺伝子機能の実験手法を確認する”
  1. CRISPRとは何か 未学習 実験手法

    CRISPRを、ガイドRNAとCasタンパク質を使って特定のDNA領域を狙う実験技術として説明します。

  2. ノックアウトとは何か 未学習 実験手法

    ノックアウトを、遺伝子の機能を失わせて、その遺伝子が何に必要かを調べる実験操作として説明します。

  3. ノックダウンとは何か 未学習 実験手法

    ノックダウンを、遺伝子発現を下げて機能への影響を調べる実験操作として説明します。

  4. 過剰発現とは何か 未学習 実験手法

    過剰発現を、遺伝子やタンパク質を通常より多く作らせて機能への影響を調べる実験操作として説明します。

  5. レポーターアッセイとは何か 未学習 実験手法

    レポーターアッセイを、遺伝子発現やシグナル活性を測りやすい信号に変換して調べる実験として説明します。

  6. RNA抽出とは何か 未学習 実験手法

    RNA抽出を、細胞や組織からRNAを取り出し、RT-qPCRやRNA-seqに使える状態にする前処理として説明します。

  7. ライブラリ調製とは何か 未学習 実験手法

    NGSで読むためにDNAやcDNA断片を整えるライブラリ調製の基本を説明します。

次に進む

Section titled “次に進む”

実験・統計の確認点が見えてきたら、次は オミクス解析を読む で、ゲノム、発現、single-cell解析の流れを読みます。図の読み方を先に練習したい場合は Figureを読む へ進みます。論文全体を読む練習に進む場合は 論文を読む を使います。