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実験手法早見表

実験手法早見表では、論文の Methods や Figure legend に出てくる手法を、何を調べる方法なのかという観点で整理します。手法名だけで結論を判断せず、サンプル、対照、反復、解析条件も確認します。

このページの役割

このページは、論文やFigureを読んでいる途中で確認点を思い出すための早見表です。手法そのものを学び直したい場合は実験手法へ戻り、Methods全体の読み方を練習したい場合は Methodsの読み方を使います。

手法	主に調べること	確認したい点	関連記事
PCR	特定のDNA領域を増幅する	プライマー、対象領域、陰性対照	PCRとは何か
qPCR	特定配列の量を定量的に比べる	Ct値、標準化、対照遺伝子	qPCRとは何か
RT-qPCR	RNAをcDNAに変換して発現量を比べる	逆転写、参照遺伝子、PCR効率	RT-qPCRとは何か
Western blot	特定タンパク質の量やサイズを確認する	抗体、分子量、ローディングコントロール	Western blotとは何か
免疫染色	細胞や組織内のタンパク質局在を見る	抗体、陽性対照、陰性対照、撮影条件	免疫染色とは何か
フローサイトメトリー	細胞集団を1細胞ごとに測定する	ゲーティング、蛍光補正、対照	フローサイトメトリーとは何か
陽性対照・陰性対照	実験が期待通り動いているか確認する	何を陽性、何を陰性としているか	陽性対照と陰性対照
ローディングコントロール	レーン間の投入量や転写量の差を確認する	比較対象、飽和、正規化の方法	ローディングコントロール

手法・解析	主に調べること	確認したい点	関連記事
シーケンシング	DNAやRNA由来の配列を読む	読んでいる分子、リード長、カバレッジ	シーケンシングとは何か
NGS	大量の配列断片を並列に読む	ライブラリ、リード数、マッピング	NGSとは何か
ライブラリ調製	配列を読める形に整える	断片化、アダプター、バイアス	ライブラリ調製とは何か
RNA-seq	RNA由来の配列と発現量を調べる	サンプル、正規化、発現量の単位	RNA-seqとは何か
single-cell RNA-seq	細胞ごとの発現パターンを調べる	細胞品質、クラスタ、バッチ効果	single-cell RNA-seqとは何か
差次的発現解析	条件間で発現が変わる遺伝子を探す	fold change、p値、多重検定補正	差次的発現解析とは何か
細胞タイプ注釈	クラスタに細胞型の意味を付ける	マーカー遺伝子、既知知識、過剰解釈	細胞タイプ注釈
バッチ効果	実験日や処理単位による系統的な差を見る	群とバッチの重なり、補正方法	バッチ効果とは何か

Methods で手法名を見つけたら、「何を測ったのか」「どのサンプルを比較したのか」「対照は何か」を確認します。結果がFigureに出ている場合は、Figure早見表と Methodsの読み方も合わせて使います。