single-cell QCとは | BioLearn
single-cell QC
single-cell quality control
QC
まず一言でいうと
Section titled “まず一言でいうと”single-cell QCは、single-cell解析で低品質細胞や技術的な外れ値を確認する工程です。
もう少し詳しく
Section titled “もう少し詳しく”single-cell RNA-seqでは、細胞ごとに測定の質が異なります。RNAが少ない細胞、壊れた可能性のある細胞、複数の細胞が混ざった可能性のあるデータなどを確認します。
よく見る指標には、検出された遺伝子数、総カウント数、ミトコンドリア由来RNAの割合、doubletの可能性があります。しきい値はデータや実験条件によって変わるため、固定の正解として覚えるより、何を除外しようとしているかを理解することが大切です。
品質の低い細胞が多いと、クラスタリングやUMAPの見え方が変わることがあります。Figureを読むときは、結果だけでなくMethodsでQC条件を確認します。
よく混同される用語
Section titled “よく混同される用語”- フィルタリング: QC結果にもとづいて一部の細胞や遺伝子を除く処理。
- doublet: 複数の細胞が1つの細胞として測定された可能性のあるデータ。
- バッチ効果: 実験日や条件の違いによる技術的な差。
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