カウント行列とは | BioLearn

日本語名

カウント行列

英語名

count matrix

略語

まず一言でいうと

カウント行列は、遺伝子とサンプルまたは細胞ごとのリード数を並べた表です。

もう少し詳しく

RNA-seqやsingle-cell RNA-seqでは、配列データを遺伝子に対応づけ、遺伝子ごとのカウントとして集計します。行に遺伝子、列にサンプルや細胞を置いた表がカウント行列です。

カウントはそのまま「真の発現量」ではありません。ライブラリサイズ、測定効率、細胞の品質などの影響を受けるため、解析では品質確認や正規化を行ってから比較します。

なぜ重要か

カウント行列は、多くの発現解析の出発点です。どの単位が行で、どの単位が列かを理解すると、ヒートマップ、差次的発現解析、single-cell解析のFigureを読みやすくなります。

よく混同される用語

• 発現量: カウントを処理して推定される量。カウントそのものとは区別します。
• シーケンスデータ: カウント行列を作る前の配列データ。
• 正規化: カウントの技術的な違いを調整する処理。

関連する用語

• RNA-seq
• single-cell RNA-seq
• 遺伝子発現
• シーケンスデータ

関連する教材ページ

• カウント行列とは何か
• RNA-seqとは何か
• single-cell RNA-seqとは何か

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