Figure早見表

Figure を読むときは、図の種類にかかわらず、まず軸、条件、サンプル数、ばらつき、コントロール、統計表示を確認します。図だけで結論を決めず、Figure legend、Results、Methodsへ戻ります。

このページは、Figureを読んでいる途中で確認点を思い出すための早見表です。オミクス解析そのものの前提を学びたい場合は バイオインフォマティクス へ戻ります。

このページの役割

このページは、Figureを見ながら確認点を短く拾うための参照ページです。統計や研究デザインを概念から学び直したい場合は 統計・研究デザイン へ戻ります。

したいこと	使う場所
図の種類ごとの確認点を思い出す	このページ
p値、効果量、エラーバーなどを学び直す	統計・研究デザイン
Figureの種類から個別記事を探す	論文Figureの読み方
Figure読解を順番に練習する	Figureを読めるようになる
Methodsや実験条件へ戻る	実験手法早見表

共通して確認すること

見る場所	確認すること	関連記事
Figure legend	条件、反復、統計検定、略語	Figure legendの読み方
軸・単位	何を、どの単位で比べているか	軸ラベルと単位
複数パネル	パネル間の関係、代表図と定量の対応	複数パネルFigure
主張との対応	図から言える範囲と言えない範囲	Figureと主張

基本グラフ

Figure	確認すること	関連記事
棒グラフ	軸、平均、ばらつき、n数	棒グラフの読み方
箱ひげ図	中央値、四分位範囲、外れ値	箱ひげ図の読み方
Violin plot	分布の形、中央値、群間の違い	Violin plotの読み方
散布図	点の単位、外れ値、相関	散布図の読み方
相関図	相関係数、線形性、群の混在	相関図の読み方
ROC曲線	感度、特異度、AUC	ROC曲線の読み方
Forest plot	効果量、信頼区間、重み	Forest plotの読み方
Kaplan-Meier	時間、イベント、打ち切り	Kaplan-Meier曲線
患者コホート表	対象者数、群分け、背景因子、欠測	患者コホート表

統計表示で迷ったら

Figureで見える表示	まず確認すること	戻るページ
平均、中央値、外れ値	代表値だけでなく、分布の形と点の単位を見る	分布、平均と中央値
n数、反復、点の数	何を1つとして数えているかを確認する	n数、生物学的反復と技術的反復
エラーバー、範囲	SD、SEM、信頼区間のどれかを見る	エラーバー、信頼区間
p値、星印、FDR	有意差の有無と効果の大きさを分ける	p値、効果量、多重検定補正
相関係数、近似線	相関を因果として読みすぎない	相関と因果、交絡
結論の強さ	バイアス、再現性、限界を確認する	バイアス、再現性、研究の限界

実験・画像Figure

Figure	確認すること	関連記事
qPCR plot	Ct値、相対発現量、対照遺伝子	qPCR plotの読み方
Western blot	バンド、分子量、ローディングコントロール	Western blotの読み方
免疫染色画像	局在、抗体、対照、撮影条件	免疫染色画像の読み方
顕微鏡画像	スケールバー、代表性、画像処理	顕微鏡画像の読み方
フローサイトメトリー	ゲート、軸、対照、細胞集団	フローサイトメトリーFigure

オミクス・ゲノムFigure

Figure	確認すること	関連記事
Volcano plot	fold change、p値、多重検定	Volcano plotの読み方
ヒートマップ	行・列、色の意味、クラスタ	ヒートマップの読み方
PCA plot	PC軸、サンプルのまとまり、外れ値	PCA plotの読み方
UMAP / t-SNE	クラスタ、距離の解釈、ラベル	UMAP / t-SNEの読み方
GSEA plot	enrichment score、方向、多重検定	GSEA plotの読み方
Pathway enrichment	経路名、遺伝子集合、補正p値	Pathway enrichment
ゲノムブラウザ図	座標、トラック、リードやピーク	ゲノムブラウザ図の読み方
Lollipop plot	変異位置、ドメイン、頻度	Lollipop plotの読み方
CNV plot	コピー数、ゲノム領域、基準線	CNV plotの読み方

前提で迷ったこと	戻る場所
RNA-seqや発現量の意味	RNA-seq、遺伝子発現
Volcano plotやGSEAの解析条件	差次的発現解析、多重検定補正
PCA、UMAP、クラスタの意味	次元削減、クラスタリング、UMAP
single-cellの細胞型やマーカー	single-cell RNA-seq、マーカー遺伝子、細胞タイプ注釈
ゲノム上の位置や変異の見方	ゲノミクス、ゲノムブラウザ、遺伝的変異

論文構造Figure

Figure・表示	確認すること	関連記事
Results全体の流れ	どの図がどの主張を支えているか	Resultsの流れ
graphical abstract	研究全体の模式化と省略	Graphical abstract
補足Figure	本文Figureとの関係、追加条件	補足Figureの読み方

使い方

この早見表は、図を読んでいる途中で確認点を思い出すための参照ページです。順番に練習したい場合は Figureを読めるようになる へ進みます。手法の前提を確認したい場合は 実験手法早見表 と Methodsの読み方 を使います。解析の背景を学び直したい場合は バイオインフォマティクス や 統計・研究デザイン に戻ります。