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実験手法

このカテゴリで学ぶこと

  • 実験手法を、何を測るか、何を操作するか、何と比較するかに分けて説明できる
  • サンプル、対照、反復、条件を、MethodsやFigure legendで確認すべき情報として読める
  • PCR、qPCR、Western blot、免疫染色、フローサイトメトリーなどを、Figureでの見え方と結びつけられる
  • シーケンシングや遺伝子機能操作を、解析や主張の前提になる実験として整理できる

実験手法では、生命科学の論文に出てくる測定や操作が「何を目的にしているのか」「どのような結果として現れるのか」を学びます。論文を読んでいる途中で手法名だけを短く確認したい場合は、実験手法早見表 を使います。

分子や細胞の前提があいまいな場合は、先に 生命科学の基礎 と 分子生物学 を確認すると読みやすくなります。

セクション一覧

Section titled “セクション一覧”

実験手法の記事は、実験の組み立て、核酸測定、シーケンス、タンパク質・細胞測定、遺伝子機能操作に分かれています。各カードから、記事一覧の該当セクションへ移動できます。

設計

実験の組み立てとサンプル

サンプル、対照群、陽性対照、陰性対照を確認し、何を何と比べる実験なのかを整理します。

核酸

核酸を増やす・測る

PCR、qPCR、RNA抽出、RT-qPCR、参照遺伝子を、DNAやRNAを扱う測定として確認します。

配列

シーケンスの流れを確認する

シーケンシング、NGS、ライブラリ調製を、配列データが得られるまでの実験の流れとして確認します。

観察

タンパク質・細胞を見る

Western blot、蛍光顕微鏡、免疫染色、フローサイトメトリーなどを、タンパク質量、局在、細胞集団を見る方法として整理します。

操作

遺伝子機能を動かして確かめる

CRISPR、ノックアウト、ノックダウン、過剰発現、レポーターアッセイを、遺伝子機能を確かめる操作として読みます。

記事一覧

Section titled “記事一覧”

初学者が順番に読む場合は、まず実験の組み立てで「何を何と比べるか」を押さえ、その後に核酸、シーケンス、タンパク質・細胞、遺伝子機能の順で進むと読みやすくなります。

実験の組み立てとサンプル

Section titled “実験の組み立てとサンプル”
  1. サンプルとは何か 未学習 実験手法

    実験で扱うサンプルを、細胞、組織、個体、抽出物などの測定対象として説明します。

  2. 対照群とは何か 未学習 実験手法

    実験で比較の基準になる対照群の役割を、MethodsとFigureの読み方に結びつけて説明します。

  3. 陽性対照と陰性対照 未学習 実験手法

    陽性対照と陰性対照を、実験系が期待どおり反応するか、不要な反応が出ていないかを確認する基準として説明します。

核酸を増やす・測る

Section titled “核酸を増やす・測る”
  1. PCRとは何か 未学習 実験手法

    PCRが特定のDNA領域を増幅する手法であることを説明します。

  2. qPCRとは何か 未学習 実験手法

    qPCRがDNA量やcDNA量の増え方をリアルタイムに測る手法であることを説明します。

  3. RNA抽出とは何か 未学習 実験手法

    RNA抽出を、細胞や組織からRNAを取り出し、RT-qPCRやRNA-seqに使える状態にする前処理として説明します。

  4. RT-qPCRとは何か 未学習 実験手法

    RT-qPCRがRNAをcDNAに変換してからqPCRで測る手法であることを説明します。

  5. ハウスキーピング遺伝子とは何か 未学習 実験手法

    ハウスキーピング遺伝子を、qPCRやWestern blotなどで正規化の基準候補として使われる遺伝子として説明します。

シーケンスの流れを確認する

Section titled “シーケンスの流れを確認する”
  1. シーケンシングとは何か 未学習 実験手法

    シーケンシングがDNAやRNA由来の塩基配列を読む技術であることを説明します。

  2. NGSとは何か 未学習 実験手法

    NGSが大量のDNA断片を並列に読むシーケンシング技術であることを説明します。

  3. ライブラリ調製とは何か 未学習 実験手法

    NGSで読むためにDNAやcDNA断片を整えるライブラリ調製の基本を説明します。

タンパク質・細胞を見る

Section titled “タンパク質・細胞を見る”
  1. Western blotとは何か 未学習 実験手法

    Western blotが特定のタンパク質を抗体で検出する実験手法であることを説明します。

  2. ローディングコントロールとは何か 未学習 実験手法

    ローディングコントロールを、Western blotなどでサンプル量や検出条件の違いを補正する基準として説明します。

  3. 蛍光顕微鏡とは何か 未学習 実験手法

    蛍光顕微鏡を、蛍光シグナルを使って細胞や組織内の分子や構造を観察する方法として説明します。

  4. 免疫染色とは何か 未学習 実験手法

    免疫染色が抗体を使って細胞や組織内のタンパク質の位置を見る手法であることを説明します。

  5. 抗体検証とは何か 未学習 実験手法

    抗体検証を、抗体が目的分子を適切に検出しているかを確認する考え方として説明します。

  6. フローサイトメトリーとは何か 未学習 実験手法

    フローサイトメトリーが多数の細胞を1つずつ測定し、細胞集団を解析する手法であることを説明します。

  7. FACSとは何か 未学習 実験手法

    FACSを、蛍光シグナルをもとに細胞を1つずつ測定し、必要に応じて分取する技術として説明します。

  8. ELISAとは何か 未学習 実験手法

    ELISAを、抗体を使ってサンプル中の特定タンパク質などを定量する実験手法として説明します。

遺伝子機能を動かして確かめる

Section titled “遺伝子機能を動かして確かめる”
  1. CRISPRとは何か 未学習 実験手法

    CRISPRを、ガイドRNAとCasタンパク質を使って特定のDNA領域を狙う実験技術として説明します。

  2. ノックアウトとは何か 未学習 実験手法

    ノックアウトを、遺伝子の機能を失わせて、その遺伝子が何に必要かを調べる実験操作として説明します。

  3. ノックダウンとは何か 未学習 実験手法

    ノックダウンを、遺伝子発現を下げて機能への影響を調べる実験操作として説明します。

  4. 過剰発現とは何か 未学習 実験手法

    過剰発現を、遺伝子やタンパク質を通常より多く作らせて機能への影響を調べる実験操作として説明します。

  5. レポーターアッセイとは何か 未学習 実験手法

    レポーターアッセイを、遺伝子発現やシグナル活性を測りやすい信号に変換して調べる実験として説明します。

次に進む

Section titled “次に進む”

実験手法の目的を押さえたら、実験・統計を確認する で対照、反復、n数、統計表示と合わせて確認します。実際の図に進む場合は 論文Figureの読み方 に進み、論文の中でMethodsを読む練習をしたい場合は Methodsの読み方 を使います。