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実験手法

実験手法では、生命科学の論文に出てくる測定や操作が「何を目的にしているのか」「どのような結果として現れるのか」を学びます。

このページの役割

Section titled “このページの役割”

このページは、実験手法を分野として学び直すカテゴリトップです。論文を読んでいる途中で手法名だけを短く確認したい場合は、実験手法早見表 を使います。

いまの状態使う入口
PCR、qPCR、Western blotなどを順に学び直したいこのページの記事一覧
実験手法と統計表示を順番につなげて確認したい実験・統計を確認する
MethodsやFigure legendで出てきた手法名だけ確認したい実験手法早見表
Methods全体の読み方を練習したいMethodsの読み方
サンプル、対照、反復、統計の確認漏れを減らしたいMethods確認チェックリスト
手法がFigureでどう見えるか確認したい論文Figureの読み方
用語だけを短く確認したい用語集の統計・研究デザインの用語

MethodsやFigureで迷ったら

Section titled “MethodsやFigureで迷ったら”
早見表

手法名から確認する

MethodsやFigure legendに出てきた手法名から、何を測った方法かを確認します。

Methods

条件と解析を読む

サンプル、対照、反復、測定方法、解析条件を分けて確認します。

Figure legend

図の条件に戻る

Figureだけでは分からない条件、n数、統計検定、略語をlegendから拾います。

この分野で学ぶこと

Section titled “この分野で学ぶこと”
  • PCR、qPCR、Western blot などの基本的な実験手法の目的を説明できる
  • 陽性対照、陰性対照、反復、サンプル調製の考え方を区別できる
  • Methods と Figure legend で、条件や測定対象を確認できる

おすすめの読む順番

Section titled “おすすめの読む順番”

初学者が順番に読む場合は、まずサンプルと対照で「何を何と比べるか」を押さえ、その後に核酸、シーケンス、タンパク質・細胞、遺伝子機能の順で進むと読みやすくなります。

順番まとまりまず読む記事
1実験の組み立てサンプル → 対照群 → 陽性対照と陰性対照
2核酸を増やす・測るPCR → qPCR → RNA抽出 → RT-qPCR
3シーケンスへつなぐシーケンシング → NGS → ライブラリ調製
4タンパク質・細胞を見るWestern blot → 蛍光顕微鏡 → 免疫染色 → フローサイトメトリー
5遺伝子機能を動かして確かめるCRISPR → ノックアウト → ノックダウン → 過剰発現

ローディングコントロール、抗体検証、ハウスキーピング遺伝子、FACS、ELISA、レポーターアッセイは、対応する基本手法を読んだあとに補足として読むと整理しやすくなります。

目的別に戻る

Section titled “目的別に戻る”
確認したいことまず読む記事関連するFigure・論文読解
PCRやqPCRが何を測る方法か知りたいPCR、qPCR、RT-qPCRqPCR plot、Methodsの読み方
タンパク質量や局在を確認したいWestern blot、免疫染色Western blotの読み方、免疫染色画像
細胞集団を1細胞ごとに見たいフローサイトメトリーフローサイトメトリーFigure
対照群や反復の意味を確認したい対照、陽性対照と陰性対照Figure legend、生物学的反復と技術的反復
NGSやRNA-seqの前処理を確認したいシーケンシング、NGS、ライブラリ調製RNA-seq、Volcano plot
手法名だけを短く確認したい実験手法早見表Figure早見表、論文を読めるようになる

対照、反復、n数、p値などの読み方で迷った場合は、用語集の統計・研究デザインの用語 に戻ります。シーケンシング、NGS、シーケンスデータなどの配列関連語を確認したい場合は、用語集のゲノミクスの用語 を使います。

記事一覧

Section titled “記事一覧”

実験の組み立てとサンプル

  1. サンプルとは何か 未学習 実験手法

    実験で扱うサンプルを、細胞、組織、個体、抽出物などの測定対象として説明します。

  2. 対照群とは何か 未学習 実験手法

    実験で比較の基準になる対照群の役割を、MethodsとFigureの読み方に結びつけて説明します。

  3. 陽性対照と陰性対照 未学習 実験手法

    陽性対照と陰性対照を、実験系が期待どおり反応するか、不要な反応が出ていないかを確認する基準として説明します。

核酸を増やす・測る

  1. PCRとは何か 未学習 実験手法

    PCRが特定のDNA領域を増幅する手法であることを説明します。

  2. qPCRとは何か 未学習 実験手法

    qPCRがDNA量やcDNA量の増え方をリアルタイムに測る手法であることを説明します。

  3. RNA抽出とは何か 未学習 実験手法

    RNA抽出を、細胞や組織からRNAを取り出し、RT-qPCRやRNA-seqに使える状態にする前処理として説明します。

  4. RT-qPCRとは何か 未学習 実験手法

    RT-qPCRがRNAをcDNAに変換してからqPCRで測る手法であることを説明します。

  5. ハウスキーピング遺伝子とは何か 未学習 実験手法

    ハウスキーピング遺伝子を、qPCRやWestern blotなどで正規化の基準候補として使われる遺伝子として説明します。

シーケンスへつなぐ

  1. シーケンシングとは何か 未学習 実験手法

    シーケンシングがDNAやRNA由来の塩基配列を読む技術であることを説明します。

  2. NGSとは何か 未学習 実験手法

    NGSが大量のDNA断片を並列に読むシーケンシング技術であることを説明します。

  3. ライブラリ調製とは何か 未学習 実験手法

    NGSで読むためにDNAやcDNA断片を整えるライブラリ調製の基本を説明します。

タンパク質・細胞を見る

  1. Western blotとは何か 未学習 実験手法

    Western blotが特定のタンパク質を抗体で検出する実験手法であることを説明します。

  2. ローディングコントロールとは何か 未学習 実験手法

    ローディングコントロールを、Western blotなどでサンプル量や検出条件の違いを補正する基準として説明します。

  3. 蛍光顕微鏡とは何か 未学習 実験手法

    蛍光顕微鏡を、蛍光シグナルを使って細胞や組織内の分子や構造を観察する方法として説明します。

  4. 免疫染色とは何か 未学習 実験手法

    免疫染色が抗体を使って細胞や組織内のタンパク質の位置を見る手法であることを説明します。

  5. 抗体検証とは何か 未学習 実験手法

    抗体検証を、抗体が目的分子を適切に検出しているかを確認する考え方として説明します。

  6. フローサイトメトリーとは何か 未学習 実験手法

    フローサイトメトリーが多数の細胞を1つずつ測定し、細胞集団を解析する手法であることを説明します。

  7. FACSとは何か 未学習 実験手法

    FACSを、蛍光シグナルをもとに細胞を1つずつ測定し、必要に応じて分取する技術として説明します。

  8. ELISAとは何か 未学習 実験手法

    ELISAを、抗体を使ってサンプル中の特定タンパク質などを定量する実験手法として説明します。

遺伝子機能を動かして確かめる

  1. CRISPRとは何か 未学習 実験手法

    CRISPRを、ガイドRNAとCasタンパク質を使って特定のDNA領域を狙う実験技術として説明します。

  2. ノックアウトとは何か 未学習 実験手法

    ノックアウトを、遺伝子の機能を失わせて、その遺伝子が何に必要かを調べる実験操作として説明します。

  3. ノックダウンとは何か 未学習 実験手法

    ノックダウンを、遺伝子発現を下げて機能への影響を調べる実験操作として説明します。

  4. 過剰発現とは何か 未学習 実験手法

    過剰発現を、遺伝子やタンパク質を通常より多く作らせて機能への影響を調べる実験操作として説明します。

  5. レポーターアッセイとは何か 未学習 実験手法

    レポーターアッセイを、遺伝子発現やシグナル活性を測りやすい信号に変換して調べる実験として説明します。

次に進む

Section titled “次に進む”

実験手法の目的を押さえたら、実験・統計を確認する で対照、反復、n数、統計表示と合わせて確認します。データ解析へ進む場合は バイオインフォマティクス や オミクス解析を読む を使い、実際の図に進む場合は 論文Figureの読み方 に進みます。論文の中でMethodsを読む練習をしたい場合は、Methodsの読み方 と 論文を読めるようになる を使います。