マーカー遺伝子とは | BioLearn
マーカー遺伝子
marker gene
まず一言でいうと
Section titled “まず一言でいうと”マーカー遺伝子は、細胞型や状態を見分ける手がかりとして使われる遺伝子です。
もう少し詳しく
Section titled “もう少し詳しく”ある細胞型で高く発現しやすい遺伝子は、その細胞型を推定する手がかりになります。single-cell RNA-seqでは、クラスタリングで得たクラスタに対して、どの遺伝子が高いかを確認します。
ただし、1つの遺伝子だけで細胞型を断定するのは危険です。複数のマーカー、発現パターン、実験条件、既知の文献情報を合わせて判断します。
UMAPやクラスタ図で細胞タイプ名が付いているとき、その根拠としてマーカー遺伝子が使われることが多いです。論文を読むときは、注釈名だけでなく、どの遺伝子を根拠にしているかを確認します。
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