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論文Figureの読み方

このカテゴリで学ぶこと

  • Figureを、見た目の印象ではなく、軸、条件、サンプル数、ばらつき、対照から読める
  • Figure legend、複数パネル、Results本文を行き来し、図が何を示しているかを整理できる
  • 実験Figure、定量Figure、解析Figureを、それぞれの測定方法や統計表示に戻して確認できる
  • Figureから言える範囲と、本文やMethodsで追加確認が必要な範囲を分けて考えられる

生命科学論文では、Figureが研究結果の中心になることがよくあります。このカテゴリでは、外部の論文画像に頼らず、模式図を使ってFigureの読み方を学びます。

順番に読む道筋を身につけたい場合は、Figureを読む を使います。図を読んでいる途中で確認点だけ見たい場合は、Figure早見表 が便利です。

セクション一覧

Section titled “セクション一覧”

Figure記事は、基本構造、定量グラフ、実験Figure、解析Figure、発展的な定量Figure、Figureと主張の対応に分かれています。各カードから、記事一覧の該当セクションへ移動できます。

基礎

Figure読解の基礎

Figure legend、軸・ラベル・単位、複数パネル、補足Figureを使い、図の構造と条件を確認します。

定量

定量グラフ

棒グラフ、箱ひげ図、散布図、相関図、Violin plotを、分布、ばらつき、関係として読みます。

実験

実験Figure

qPCR、Western blot、免疫染色、顕微鏡画像、フローサイトメトリーを、対照、反復、撮影条件と合わせて読みます。

解析

解析Figure

Volcano plot、ヒートマップ、PCA、UMAP、GSEA、ゲノム系Figureを、解析条件と統計表示に戻して読みます。

発展

発展的な定量Figure

ROC曲線、Kaplan-Meier曲線、Forest plot、患者コホート表などを、予測性能、時間、効果量、背景情報として確認します。

主張

Figureと主張をつなぐ

Figureと主張、Results本文の流れ、Graphical abstractを対応づけ、図から言える範囲を確認します。

記事一覧

Section titled “記事一覧”

読みたいFigureの種類が決まっている場合は、近いセクションから始めます。迷う場合は、まずFigure読解の基礎でlegend、軸、パネル構造を確認すると整理しやすくなります。

Figure読解の基礎

Section titled “Figure読解の基礎”
  1. Figure legendの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    論文Figureの説明文から、実験条件、n数、反復、統計検定、エラーバーやp値の定義を読み取る基本を説明します。

  2. 軸・ラベル・単位の読み方 未学習 論文Figureの読み方

    Figureを読む前提として、軸、ラベル、単位、スケール、条件名を確認する基本を説明します。

  3. 複数パネルFigureの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    Figure 1A、1B、1Cのような複数パネルFigureで、全体の流れと各パネルの役割を読む方法を説明します。

  4. 補足Figureの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    補足Figureで追加検証、対照、詳細データを確認する読み方を説明します。

定量グラフ

Section titled “定量グラフ”
  1. 棒グラフの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    生命科学論文に出てくる棒グラフで、平均、ばらつき、サンプル数、統計表示を読む順番を説明します。

  2. 箱ひげ図の読み方 未学習 論文Figureの読み方

    箱ひげ図で中央値、四分位範囲、ひげ、外れ値を読む基本を説明します。

  3. Violin plotの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    Violin plotで分布の形、中央値、群間の重なりを読む基本を説明します。

  4. 散布図の読み方 未学習 論文Figureの読み方

    散布図で2つの変数の関係、点の分布、外れ値、相関を読む基本を説明します。

  5. 相関図の読み方 未学習 論文Figureの読み方

    相関図で2つの変数の関係、相関係数、外れ値、相関と因果の違いを読む基本を説明します。

実験Figure

Section titled “実験Figure”
  1. qPCR plotの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    qPCRの増幅曲線、Ct値、相対発現量グラフを読むときの基本を説明します。

  2. Western blotの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    Western blotのバンド、分子量マーカー、ローディングコントロール、定量グラフを読む基本を説明します。

  3. 顕微鏡画像の読み方 未学習 論文Figureの読み方

    顕微鏡画像でスケール、倍率、代表性、定量結果を確認する読み方を説明します。

  4. 免疫染色画像の読み方 未学習 論文Figureの読み方

    免疫染色画像でシグナルの局在、強さ、対照、撮影条件を確認する読み方を説明します。

  5. フローサイトメトリーの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    フローサイトメトリーFigureで点の分布、ゲート、陽性率、対照を確認する読み方を説明します。

解析Figure

Section titled “解析Figure”
  1. Volcano plotの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    RNA-seqなどの差次的発現解析で使われるVolcano plotの軸、点、しきい値、解釈の注意点を説明します。

  2. ヒートマップの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    遺伝子発現解析などで使われるヒートマップの色、行、列、クラスタリング、スケールの読み方を説明します。

  3. PCA plotの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    PCA plotでサンプル間の全体的な違い、クラスタ、外れ値を読む基本を説明します。

  4. UMAP / t-SNEの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    UMAPやt-SNEで点、クラスタ、距離、細胞タイプ注釈を読む基本を説明します。

  5. GSEA plotの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    GSEA plotでランキング、エンリッチメントスコア、leading edgeを読む基本を説明します。

  6. Pathway enrichment plotの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    経路や遺伝子セットのenrichment結果を示すFigureで、経路名、スコア、FDR、遺伝子数を読む基本を説明します。

  7. ゲノムブラウザ図の読み方 未学習 論文Figureの読み方

    論文Figureに出てくるゲノムブラウザ図で、座標、トラック、遺伝子モデル、変異、リードの見方を説明します。

  8. Lollipop plotの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    タンパク質やゲノム上の位置に沿って変異を示すLollipop plotで、位置、頻度、ドメイン、解釈の注意点を読む方法を説明します。

  9. CNV plotの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    コピー数変異を示すCNV plotで、ゲノム位置、増幅、欠失、セグメント、サンプル比較を読む方法を説明します。

発展的な定量Figure

Section titled “発展的な定量Figure”
  1. ROC曲線の読み方 未学習 論文Figureの読み方

    分類モデルや判別性能を示すROC曲線で、感度、偽陽性率、AUCを読む基本を説明します。

  2. Kaplan-Meier曲線の読み方 未学習 論文Figureの読み方

    時間経過とイベント発生を示すKaplan-Meier曲線で、曲線、打ち切り、リスク数を読む基本を説明します。

  3. Forest plotの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    Forest plotで効果量、信頼区間、基準線、研究間のばらつきを読む基本を説明します。

  4. 患者コホート表の読み方 未学習 論文Figureの読み方

    患者コホート表で、対象者数、群分け、背景因子、欠測、追跡期間を確認する基本を説明します。

Figureと主張をつなぐ

Section titled “Figureと主張をつなぐ”
  1. Figureと主張を対応づける 未学習 論文Figureの読み方

    論文の主張が、どのFigure、どのパネル、どのデータに支えられているかを確認する読み方を説明します。

  2. Resultsセクションの流れを読む 未学習 論文Figureの読み方

    ResultsセクションでFigureがどの順番で主張を積み上げているかを読む方法を説明します。

  3. Graphical abstractの読み方 未学習 論文Figureの読み方

    Graphical abstractで研究の全体像、主張、実験結果との距離を確認する読み方を説明します。

次に進む

Section titled “次に進む”

統計表示、n数、p値、FDRで止まった場合は 統計・研究デザイン へ戻ります。Figureから論文全体の読み方へ進む場合は 論文を読む を使います。