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PCAとは | BioLearn

PCA

principal component analysis

PCA

PCAは、多数の特徴を少数の主成分にまとめ、データ全体の違いを見る解析です。

サンプル間の大きな違いやバッチ効果、条件ごとのまとまりを可視化するときに使われます。

PCAの点の近さは全体的な類似性の手がかりですが、どの特徴が効いているか、前処理や正規化の影響も確認します。

  • UMAP: 非線形な次元削減で、局所的な構造を見やすくする可視化です。
  • 次元削減: PCAを含む、特徴数を減らす解析の総称です。

PCA plotの読み方 へ進むと、PCAを実際の教材文脈で確認できます。