ATAC-seqとは | BioLearn
ATAC-seq
assay for transposase-accessible chromatin with sequencing
ATAC-seq
まず一言でいうと
Section titled “まず一言でいうと”ATAC-seqは、開いたクロマチン領域をゲノム全体で調べるシーケンシング手法です。
もう少し詳しく
Section titled “もう少し詳しく”開いた領域に入りやすい酵素を使ってDNA断片を作り、その配列を読みます。解析では、リードが集まる領域をアクセシビリティのピークとして扱います。
プロモーターやエンハンサーなど、調節領域候補を探す入口になります。
よく混同される用語
Section titled “よく混同される用語”- ChIP-seq: 特定のタンパク質やヒストン修飾を対象にする手法。
- クロマチンアクセシビリティ: ATAC-seqでよく測るDNAへのアクセスしやすさ。
- RNA-seq: RNA量を測る手法。
関連する用語
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Section titled “次に読む記事”クロマチンアクセシビリティとは何か に進むと、ATAC-seqピークの意味を学べます。