SAM/BAMとは | BioLearn
SAM/BAM
Sequence Alignment/Map and Binary Alignment/Map
SAM/BAM
まず一言でいうと
Section titled “まず一言でいうと”SAM/BAMは、マッピング後のリード配置と関連情報を保存するファイル形式です。
もう少し詳しく
Section titled “もう少し詳しく”SAMはテキスト形式、BAMは同じ情報を圧縮して扱うバイナリ形式です。リードの位置、向き、対応の質、塩基配列などを保存します。
SAM/BAMは、カバレッジ確認、ゲノムブラウザ表示、発現量推定、バリアントコールなどの土台になります。
よく混同される用語
Section titled “よく混同される用語”- FASTQ: マッピング前のリード配列と品質スコアを保存する形式です。
- VCF: 検出されたバリアント候補を記録する形式です。
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