クロマチンアクセシビリティとは | BioLearn
クロマチンアクセシビリティ
chromatin accessibility
まず一言でいうと
Section titled “まず一言でいうと”クロマチンアクセシビリティは、クロマチン中のDNAが転写因子や酵素からどれくらいアクセスしやすいかを表す考え方です。
もう少し詳しく
Section titled “もう少し詳しく”開いたクロマチン領域は、プロモーターやエンハンサーなどの調節領域候補として読まれることがあります。代表的な測定法はATAC-seqです。
ただし、アクセシビリティは発現量そのものではありません。開いている領域が必ず機能しているとも限らないため、発現データやヒストン修飾などと合わせて解釈します。
ATAC-seqやsingle-cell ATAC-seqのFigureを読むとき、細胞型ごとにどの調節領域が使われやすいかを考える入口になります。
よく混同される用語
Section titled “よく混同される用語”- 遺伝子発現: 遺伝子情報がRNAやタンパク質として使われること。
- 転写因子: DNAに結合して転写を調節するタンパク質。
- ATAC-seqピーク: 開いた領域の候補で、特定の転写因子結合を直接示すとは限りません。
関連する用語
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