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oncoplotとは | BioLearn

日本語名

Section titled “日本語名”

oncoplot

英語名

Section titled “英語名”

oncoplot

まず一言でいうと

Section titled “まず一言でいうと”

oncoplotは、がんゲノム解析でサンプルごとの遺伝子変化を行列のように並べて示す図です。

もう少し詳しく

Section titled “もう少し詳しく”

横方向にサンプル、縦方向に遺伝子を置き、変異、コピー数変化、構造変化などを色や記号で示すことがあります。どのサンプル順、どの遺伝子順、どの変化の種類を表示しているかを凡例とMethodsで確認します。

なぜ重要か

Section titled “なぜ重要か”

複数サンプルにわたる変化のパターンを一目で確認できます。ただし、色が目立つことと生物学的な重要性は同じではありません。サンプル数、検出条件、変化の定義を合わせて読みます。

よく混同される用語

Section titled “よく混同される用語”
  • 体細胞変異: 腫瘍など一部の体細胞系列で生じる配列上の違い。
  • コピー数変異: ゲノム領域のコピー数が増減する変化。
  • CNV plot: ゲノム上の位置に沿ってコピー数の増減を示す図。

関連する用語

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関連する教材ページ

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次に読む記事

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論文読解演習 - がんゲノム論文 で、oncoplotをMethodsや他のFigureと対応づけて読む練習に進みましょう。