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UMAP / t-SNEの読み方
この記事で学ぶこと
- UMAPやt-SNEで点とクラスタが何を表すか説明できる
- 距離やクラスタを読みすぎない注意点を理解する
- single-cell Figureで細胞タイプ注釈を確認できる
UMAPやt-SNEは、多数の特徴を持つ細胞やサンプルを2次元に配置し、クラスタや連続性を見るFigureです。単一細胞解析などで、細胞集団の全体像を示すためによく使われます。
読むときは、「似た細胞を近くに置く可視化」として扱います。軸の数値やクラスタ間の距離を、物理的な距離のように読みすぎないことが大切です。
このFigureで何を見るか
Section titled “このFigureで何を見るか”このFigureでは、1つの点が細胞なのかサンプルなのか、色が細胞タイプや条件のどれに対応するかを確認します。クラスタのまとまり、連続的な変化、外れた点を見ますが、軸の数値やクラスタ間距離を読みすぎないようにします。
図の構成要素
Section titled “図の構成要素”- 点: 多くの場合、1つの細胞やサンプルを表します。
- 色: 細胞タイプ、クラスタ、条件、遺伝子発現量などを示します。
- クラスタ: 似た特徴を持つ点のまとまりです。
- 凡例: 色とラベルの対応を確認します。
- 解析条件: 前処理、特徴量、パラメータ、バッチ補正の影響を受けます。
- 点が何を表すかを確認します。
- 色がクラスタ、細胞タイプ、条件、発現量のどれかを確認します。
- どのクラスタがどの注釈に対応するかを見ます。
- 条件ごとの偏りや混ざり方を確認します。
- 距離や分離の意味を、解析条件とマーカー遺伝子に戻して判断します。
単一細胞解析では、single-cell RNA-seqとは何かと細胞タイプ注釈が土台になります。可視化の性質はUMAPとは何かと次元削減とは何かで確認します。
よくある誤解
Section titled “よくある誤解”- UMAP上で近いことを、必ず生物学的に近いと断定する。
- クラスタの数や境界を、解析条件に依存しない固定事実として読む。
- 色の違いだけで、細胞タイプや状態を確定する。
- 軸の向きや距離を、物理的な座標のように読む。
確認問題
読み終えた内容を、1問ずつ選択式で確認します。
未回答
4問
最高記録なし 復習なし