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Violin plotの読み方
この記事で学ぶこと
- Violin plotで分布の形を読める
- 中央値や四分位範囲の表示を確認できる
- 群間の重なりを見て、差を過大評価しない読み方を身につける
Violin plotは、データの分布の形を、左右に広がる形として見せるFigureです。箱ひげ図よりも、値がどのあたりに多いかを形として見やすいことがあります。
読むときは、幅を値の大きさとして読まないようにします。幅はその値付近のデータの多さを表すため、中心だけでなく分布の形と群間の重なりを見ます。
このFigureで何を見るか
Section titled “このFigureで何を見るか”このFigureでは、幅が広い値域、中央値、四分位範囲、重ねて表示された点の有無を確認します。群どうしの中心だけでなく、分布の形や重なりがどう違うかを見ます。
図の構成要素
Section titled “図の構成要素”- 幅: その値の付近にデータが多いほど広く表示されます。
- 縦軸: 測定値、発現量、スコアなど、何の分布かを確認します。
- 中央値や箱: 図によって中央値、四分位範囲、箱ひげ図が重ねられます。
- 個々の点: サンプルや細胞を直接示す場合があります。
- 群ラベル: 条件、細胞タイプ、時間点など、比較対象を確認します。
- 縦軸と群ラベルを見て、何の分布を比べているか確認します。
- 幅が広い値域を見て、データが集まる場所を読みます。
- 中央値や四分位範囲がある場合は、中心と広がりを確認します。
- 群どうしの分布の重なりを見て、差を大きく読みすぎないようにします。
- n数、個々の点、統計表示をFigure legendで確認します。
Violin plotは分布を読むFigureです。中央値や四分位範囲が重ねて表示される場合は、平均と中央値と箱ひげ図の読み方に戻ります。
よくある誤解
Section titled “よくある誤解”- 幅が広い部分を、値そのものが大きいと誤読する。
- 中央値だけを見て、分布の重なりを確認しない。
- 個々の点が表示されていない図で、サンプル数を確認しない。
- 群の形が違う理由を、実験条件だけで説明しようとする。
確認問題
読み終えた内容を、1問ずつ選択式で確認します。
未回答
4問
最高記録なし 復習なし