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Pathway enrichment plotの読み方
この記事で学ぶこと
- Pathway enrichment plotで点や棒が何を表すか確認できる
- FDR、遺伝子数、enrichment scoreを区別して読める
- 経路名だけで結論を決めない読み方を身につける
Pathway enrichment plotは、遺伝子リストやランキングに、特定の経路や機能に属する遺伝子が偏って含まれるかを見るFigureです。多数の遺伝子の変化を、生物学的なまとまりとして整理するために使われます。
読むときは、経路名が出たことをそのまま直接測定の結果とは考えません。どの遺伝子リストから解析したのか、どの程度偏っているのかを確認します。
このFigureで何を見るか
Section titled “このFigureで何を見るか”このFigureでは、経路名、スコア、FDR、遺伝子数、背景集団を確認します。上位に出た経路名を結論として読む前に、どの遺伝子リストと背景から計算された結果かを見ます。
図の構成要素
Section titled “図の構成要素”- 経路名: GO、KEGG、Reactomeなど、どのデータベース由来かを確認します。
- スコアや比率: enrichment score、gene ratio、odds ratioなど、指標の意味を読みます。
- FDR: 多数の経路を調べるため、多重検定補正後の値を見ます。
- 遺伝子数: その経路に何個の候補遺伝子が含まれたか。
- 色や点の大きさ: 統計値、遺伝子数、スコアを表すことがあります。
- どの遺伝子リストや比較から作られた図か確認します。
- 経路名とデータベースを確認します。
- 軸、色、点の大きさが何を表すか読みます。
- FDRや遺伝子数を見て、候補の強さと広さを確認します。
- 経路名から生物学的結論を急がず、元の遺伝子や実験結果に戻ります。
このFigureはPathway enrichmentとは何かと差次的発現解析を理解していると読みやすくなります。FDRが出る場合は多重検定補正に戻ります。
よくある誤解
Section titled “よくある誤解”- 経路名が出ただけで、その経路が直接測定されたと読む。
- FDRや背景遺伝子集合を確認しない。
- 遺伝子数が多い経路を、必ず最も重要な経路だと読む。
- 上位の経路名だけを見て、元の遺伝子リストを確認しない。
確認問題
読み終えた内容を、1問ずつ選択式で確認します。
未回答
4問
最高記録なし 復習なし